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首先来说一下各自的界定： 自主招生：即具有自主招生资格的高校，每年拿出不超过全年度招生计划的5%的计划，用于选拔那些具有学科特长与创新潜质的高三学生。通过初审和复试的考生，可以获得不同程度的优惠幅度。
综合评价：即综合考量学生的高考成绩、专家面试成绩、高中学业水平考试等方面来选拔录取学生。
如果单从界定上看，自主招生和综合评价都是高校选拔优秀学生的方式，也是考生得以借力的选拔录取方式。两者都是进行申请—审核—考核—录取的模式;都要参考学生的高中学业成绩、笔试面试成绩、高考成绩等;申请开始时间都差不多。
其次，看一下两者的区别：
申请门槛不一样： 自主招生的申请门槛比较高，一般都要求有学科竞赛奖项、发明专业、论文发表等条件。考生不能满足上述条件之一的，自主招生的初审是很难通过的。 综合评价的申请门槛相对较低一些：一般会重点参考学生的会考成绩、综合素质评价、能力测试成绩、高考成绩等综合选拔录取。对于学生的奖项要求，从来不是硬性条件。
具有申请资格的高校不同： 目前具有自主招生申请资格的高校有90所：其中全国范围内都可以申请的院校有77所，另13所只在特定省份申请。 目前，具有综合评价申请资格的高校并不多，而且比较零散。而且大部分的高校都是只在特定省份实施。
申请的时间不尽相同： 自主招生一般在3月份开始申请，4月份结束; 综合评价一般是在4月份开始，也有高校会在6月份才终止申请。 所以两者的申请时间可以错开，而且也允许同时申请，互补冲突。所以，对于大部分同学来说，都可以申请一下。
综合评价有申请资格的高校，也是有全国范围内与省际范围内的区别的，详情可见下图：
报名程序
自主招生
1、考生申请材料审核。 高校都会对自主招生材料进行审核，在众多的申请者中选取部分考生进行测试。对于考生来说，要按照高校要求，将申请材料准备齐全。除了申请表之外，申请材料还可以包括获奖证书复印件、个人陈述、其他申请资料等。获奖证书可以是考生在高中阶段获得的各种奖励证书。另外，考生还可以准备一到两封推荐信，内容包括推荐人的姓名、与学生的关系、推荐人联系方式以及对申请者的评价等。
2、高校自主招生测试。 各高校一般会单独或联合组织自主招生测试。自主招生测试一般分为笔试和面试。无论是笔试还是面试，都不同于高考，试题灵活，涉及面广，主要看考生平时的积累。难度介于高考和竞赛之间。
3、考生统一高考。 考生通过高校自主招生测试后，高校会同考生签订协议，考生要参加统一高考，符合相应条件即可被录取。特别优秀的考生经批准后，还可享受更优惠的政策。
综合评价
1、考生报名。 包括高中阶段各学期的成绩情况、综合素质评价等证明、高中阶段获奖证书或资格证明材料复印件（这三样东西都是要去教务处盖章的），还有一样就是考生的“个人简历”。把这些资料全部寄给申请的高校，大概一星期后，名单会在高校网上公布。
2、学校进行书面审核。 学校综合评价招生工作专家委员会对考生申请材料进行书面评审。根据考生的学业水平测试（高中会考）成绩、竞赛成绩、中学阶段综合表现以及个人陈述情况，按照专家对书面材料评分从高到低，确定获得综合素质测试资格的考生名单。
3、初审通过后，综合素质测试时间一般集中在6月份。 考生需要参加高校组织的笔试和面试。有些学校取消了笔试部分，情况待学校而定。接下来就是高考。高考好了之后，高校会把多项成绩折算。
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